Sequencing

Uit Wikipedia, de vrije encyclopedie
Ga naar: navigatie, zoeken

Sequencing of sequentiëring[1] is het bepalen van de nucleïnezuur- of aminozuur-volgorde van een DNA, RNA respectievelijk eiwit.

Dideoxy-DNA-sequencing[bewerken]

Op het gebied van het uitlezen van het genoom van organismen zijn er dankzij de didesoxy-DNA-sequencing-methode eind 20e eeuw grote doorbraken geboekt, waaronder ook het menselijk genoom (menselijk genoomproject). Het ontbreken van een hydroxidegroep vormt de kern van dideoxysequencing. Doordat er een zuurstofatoom ontbreekt op het derde koolstofatoom van de ribose, is deze niet in in staat een ester te vormen met de fosfaat-groep van de volgende nucleotide tijdens DNA-polymerisatie. Door deze didesoxy-varianten van de nucleotiden te mengen met reguliere nucleotiden ontstaan er DNA-fragmenten van verschillende lengtes. De lengte wordt bepaald wanneer tijdens polymerisatie een didesoxynucleotide wordt gekoppeld aan het al gesynthetiseerde DNA-fragment. Door koppeling van deze didesoxynucleotide is DNA-polymerase niet meer in staat om door te gaan met replicatie gezien deze geen esterverbinding meer kan vormen. Door gelelektroforese toe te passen kan ten slotte de nucleotidevolgorde worden bepaald. Deze methode van sequencen wordt tegenwoordig ook aangeduid als Sanger-sequencen, naar de grondlegger van deze techniek. Ter onderscheid van de moderne aanpak van 'Massive Parallel Sequencing' (MPS), meestal aangeduid als 'Next generation Sequencing', NGS.

Bisulfiet-sequencing[bewerken]

Bisulfiet-sequencing wordt gebruikt in de epigenetica bij het bepalen van welke cytosine-nucleotiden gemethyleerd zijn in een DNA-sequentie. Door de behandeling van het DNA in een bisulfietoplossing reageert het bisulfiet met ongemethyleerde cytosine. Na deaminering en uiteindelijk het afstoten van de sulfietgroep verandert de ongemethyleerde cytosine uiteindelijk in uracil. De bewerkte sequentie dient nu vermenigvuldigd te worden door middel van Polymerase Chain Reaction (PCR). Door ten slotte didesoxy-DNA-sequencing toe te passen kunnen de locaties van de uracilnucleotiden achterhaald worden. De plekken waar uracil gevonden wordt, zijn de plekken waar de cytosinenucleotiden gemethyleerd waren.

Literatuurverwijzingen[bewerken]

  1. Everdingen, J.J.E. van, Eerenbeemt, A.M.M. van den (2012). Pinkhof Geneeskundig woordenboek (12de druk). Houten: Bohn Stafleu Van Loghum.