Op 30 april 1960 richtte paus Johannes XXIII met de bulCum apostolicus de territoriale prelatuur van de Maagdeneilanden op. Daarvoor maakte dit gebied deel uit van het aartsbisdom San Juan de Puerto Rico. Op 12 oktober 1965 werd de prelatuur suffragaan aan Washington. Op 20 april 1977 verhief paus Paulus VI de prelatuur met de bul Animarum utilitatis tot bisdom met de naam Saint Thomas. De patronen van het bisdom zijn Petrus en Paulus.