Kovalenko leidde reeds wedstrijden in de AFC Cup (2008, 2009, 2011, 2012, 2013) en de AFC Champions League (waaronder duels in 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014 en 2015). Een van zijn eerste wedstrijden op internationaal clubniveau leidde hij op 18 maart 2008 in de groepsfase van de AFC Cup. Deze wedstrijd tussen Victory SC van de Maldiven en het Hongkongse South China AA eindigde in een 0–0 gelijkspel; Kovalenko stuurde bij beide ploegen een speler met een rode kaart van het veld.[2] In 2009 werd Kovalenko in de Champions League door de AFC voor het eerst aangesteld voor een wedstrijd in de knockoutfase, wat in de daaropvolgende seizoenen gebruikelijk werd. Op 25 september 2013 leidde hij de halve finale tussen Kashiwa Reysol (Japan) en Guangzhou Evergrande (China), die eindigde in een 1–4 overwinning voor de Chinese club.[3] Het was de grootste wedstrijd in Kovalenko's palmares op clubniveau.[2]
Hoewel Kovalenko vanaf 2002 reeds bevoegd was om interlands te leiden, werd hij pas vijf jaar later aangesteld voor zijn eerste interland. Op 12 september 2007 floot hij de vriendschappelijke wedstrijd tussen Azerbeidzjan en Georgië, twee landen in de UEFA-zone. Het duel, gespeeld in het Tofikh Bakhramovstadion in Bakoe, eindigde in een 1–1 gelijkspel.[4] Sinds deze oefeninterland leidde Kovalenko meer dan dertig interlands, veelal kwalificatiewedstrijden voor het wereld- of Aziatisch kampioenschap voetbal en subcontinentale toernooien als het Zuidoost-Aziatisch kampioenschap voetbal. In zijn eerste interlandtoernooi, de AFC Challenge Cup in 2008, werd Kovalenko direct aangesteld voor zijn eerste finale: op 13 augustus werd Tadzjikistan met 4–1 verslagen door India na een hattrick van Sunil Chhetri. Kovalenko leidde in het kwalificatietoernooi voor het WK 2014 zes wedstrijden; in de wedstrijd tussen Irak en Japan (0–1) deelde hij voor het eerst in zijn interlandcarrière een rode kaart uit.[5] Kovalenko floot vervolgens ook finales van de AFC Challenge Cup 2014, het West-Aziatisch kampioenschap 2014 en het Zuidoost-Aziatisch kampioenschap, eveneens in 2014. In 2015 stelde de AFC Kovalenko aan voor de interland tussen Libanon en Koeweit op 11 juni in de eerste speelronde van de kwalificaties voor het wereldkampioenschap voetbal 2018. Kovalenko's relatief jonge landgenoot Aziz Asimov leidde in hetzelfde WK-kwalificatietoernooi zijn eerste interland.[1]
Tasjkent
Azerbeidzjan – Georgië 
Sri Lanka – Guam 
Pakistan – Sri Lanka 
Turkmenistan – Tadzjikistan 
India – Tadzjikistan 
Thailand – Iran 
Koeweit – Indonesië 
Libanon – Vietnam 
Verenigde Arabische Emiraten – Koeweit 
Irak – Jemen 
Australië – Oman 
Jordanië – Irak 
Maleisië – Singapore 
Zuid-Korea – China 
Qatar – Jemen 
Saoedi-Arabië – Qatar 
Filipijnen – Afghanistan .svg){kind=small}
Palestina – Filipijnen 