De stad telt vele historische bezienswaardigheden, waaronder een van de oudste synagogen van Noord-Amerika. De haven van Charlotte Amalie is een belangrijk aanlegpunt voor cruiseschepen op de Caribische Zee. Drie kilometer ten westen van de stad ligt Luchthaven Cyril E. King.
De stad werd in 1690 gesticht[bron?] en is genoemd naar de Deense koningin Charlotte Amalie, de vrouw van koning Christiaan V. Aan de koning herinnert Fort Christian, het oudste gebouw op de eilanden en tegenwoordig een museum. Bijna even oud is Fort Skytsborg, waarvan de uitkijktoren tegenwoordig bekender is als Blackbeard's Castle. In 1917 werd Saint Thomas door Denemarken aan de Verenigde Staten verkocht.
