Het zeventiende Europees kampioenschap voetbal onder 16 werd gehouden van 24 april tot en met 7 mei 1999 in Tsjechië. Het toernooi werd voor de vijfde keer gewonnen door Spanje.
De zestien gekwalificeerde teams werden ingedeeld in vier groepen van vier. De nummers één en twee van iedere groep stroomden door naar de kwartfinales.
Teams hadden voor dit toernooi ook de kans om zich te kwalificeren voor het Wereldkampioenschap onder 17 in 1999 in Nieuw-Zeeland, dat al enkele maanden na dit toernooi zou beginnen. De beste drie teams van dit toernooi konden zich voor het WK-17 kwalificeren.
Kwalificatie België en Nederland
België en Nederland wisten zich niet te kwalificeren voor het eindtoernooi, beide ploegen behaalde de tweede plaats in hun kwalificatiegroep. België speelde in groep 2, het eindigde onder Denemarken en boven Roemenië. Nederland speelde in groep 12, het eindigde onder Polen en boven IJsland en Liechtenstein.