In 1968 werd hij naar Ajax gehaald. In dit eerste seizoen had Mühren nog geen basisplaats, maar in dat jaar scoorde hij wel tegen Telstar het duizendste doelpunt van Ajax in de eredivisie. Het jaar erop zou hij Bennie Muller uit de startopstelling verdringen. Zijn technische hoogstandjes moest hij van trainer Rinus Michels achterwege laten. 1969 was ook het jaar dat Gerrie Mühren als eerste Volendammer in het Nederlands elftal speelde. Wereldberoemd is zijn staaltje hooghouden in de uitwedstrijd van Ajax tegen Real Madrid in 1973. Gerrie Muhren stond ook bekend om z’n magistrale conditie en werd vaak genoemd als meest technische voetballer ter wereld.
In 1976 vertrok hij naar Real Betis. De Volendamse popgroep BZN bracht naar aanleiding hiervan de single Sevilla uit. Later speelde Mühren voor MVV en Seiko. Na zijn carrière als voetballer hield Mühren zich bezig met het begeleiden van de jeugd. Ook zijn jongere broer Arnold was een succesvol voetballer.
In totaal heeft Gerrie Mühren 298 wedstrijden gespeeld, waarin hij 72 keer scoorde. Ook speelde hij 10 interlands. Zijn eerste interland was in 1969 tegen Engeland en zijn laatste was in 1973 tegen België.
Mühren overleed op 67-jarige leeftijd aan de gevolgen van een beenmergstoornis.[1] In 2005 had de gemeente Amsterdam al de Gerrie Mührenbrug benoemd.