Genetische variatie

Uit Wikipedia, de vrije encyclopedie
Ga naar: navigatie, zoeken
Individuen van de soort Donax variabilis laten variaties in kleuring en patronen zien.

Genetische variatie of genetische diversiteit is het bestaan van verschillen (variatie) in het genetisch materiaal van een populatie, een biologische soort of een heel ecosysteem.

Genetisch materiaal is te zien als het recept voor een organisme. (Vaak wordt gezegd dat genen de blauwdruk voor een organisme zijn, maar deze analogie gaat mank, aangezien in een blauwdruk in een oogopslag duidelijk wordt welke vorm het product zal aannemen. Dit is bij het genetisch materiaal niet het geval.) Genetische variatie leidt ertoe dat er binnen een (populatie van een) soort verschillen voorkomen, waardoor ieder individu uniek is. Zelfs eeneiige tweelingen hebben kleine verschillen in hun genetisch materiaal en daardoor kleine uiterlijke verschillen, waardoor ze van elkaar te onderscheiden zijn.

Verwante begrippen[bewerken]

De totale hoeveelheid verschillende allelen binnen een populatie van een soort wordt de genenpoel genoemd. Statistisch kan bij de opeenvolging van generaties een bepaald allel meer of minder vaak gaan voorkomen, door toeval en zonder dat daar natuurlijke selectie bij komt kijken. Dit proces wordt genetische drift genoemd. Genetische drift kan wiskundig gezien worden als de snelheid waarmee verandering in de genenpoel optreedt.

Als er twee of meer allelen van hetzelfde gen voorkomen in een genenpoel wordt de populatie voor die eigenschap polymorf genoemd. Dit zorgt er bijvoorbeeld voor dat er appelbomen zijn met groene en met rode vruchten, terwijl alle bomen tot dezelfde soort behoren. De twee varianten van de eigenschap (in het voorbeeld groene en rode vruchten) worden fenotypen genoemd.

Oorzaak[bewerken]

Er zijn twee manieren waarop genetische variatie kan ontstaan. Ten eerste wordt bij geslachtelijke voortplanting het genetisch materiaal van twee ouders gecombineerd, waardoor het genetisch materiaal van het kind slechts voor de helft van elke ouder is overgenomen. Als genoeg verschillende allelen in de genenpoel aanwezig zijn, is er een groot aantal combinaties binnen een populatie mogelijk. Ook kunnen gekoppelde kenmerken (allelen van genen op hetzelfde chromosoom) herschikt worden door crossing-over.

Als dit de enige wijze was waarop genetische variatie ontstond, zouden geen "nieuwe" fenotypen kunnen ontstaan. Er kunnen echter ook nieuwe variaties in het genetisch materiaal ontstaan door mutatie. Radioactieve straling en mutagentia bevorderen mutaties. Mutatie komt voor in de vorm van recombinatie, transgenese en/of veranderingen van het karyotype (het aantal, de vorm, de rangschikking en de grootte van chromosomen).

Belang voor biologische evolutie[bewerken]

Nuvola single chevron right.svg Zie evolutie (biologie) voor het hoofdartikel over dit onderwerp.

Dankzij genetische variatie komen binnen een soort verschillende versies van een bepaalde eigenschap voor (bijvoorbeeld blauwe naast bruine ogen bij mensen). In de evolutiebiologie wordt algemeen aanvaard dat populaties met meer genetische variatie grotere overlevingskansen hebben. In de natuur vindt natuurlijke selectie plaats waarbij de individuen met de voordeligste eigenschappen de grootste kans op overleven hebben. Zo zal een haas die sneller kan rennen dan zijn ouders een grotere overlevingskans hebben dan een dier dat juist langzamer rent, omdat het minder snel door een vos gegrepen wordt. De snellere haas heeft daardoor mogelijk een grotere kans op nakomelingen dan de langzamere, maar mogelijk ook een kleinere kans doordat het meer energie 'verspilt' bij het rennen. Het evolutionaire voordeel zit in de optimale mix van vóór- en nadelen. Genetisch materiaal dat voor voordelige eigenschappen zorgt heeft daarom een hogere kans doorgegeven te worden aan de volgende generatie, waardoor uiteindelijk de hele populatie over de voordelige eigenschappen beschikt. De soort is daarmee veranderd: evolutie.

Een voorbeeld van hoe gebrek aan genetische variatie kan leiden tot verminderde kans op overleving is de Ierse aardappelhongersnood van 1845 tot 1849. Het genetische verschil tussen alle aardappels in Ierland was erg klein zodat één schimmel, veroorzaker van de aardappelziekte, een groot deel van de aardappels kon infecteren en doden. Dit leidde tot voedselschaarste en hongersnood.

De frequentie waarmee een bepaald allel binnen de populatie voorkomt varieert door een aantal oorzaken. De variatie houdt pas op te bestaan als een allel compleet verdwijnt of alle andere allelen binnen de populatie vervangt.[1] Als een gehele populatie hetzelfde allel heeft spreekt men van fixatie.

Nieuwe allelen, en daarmee nieuwe variatie, ontstaan door mutaties in genetisch materiaal, migratie tussen verschillende populaties (genmigratie) en het verdelen van genen bij seksuele voortplanting. Variatie kan bij sommige organismen echter ook ontstaan door de uitwisseling van genen tussen verschillende soorten, zoals horizontale genoverdracht tussen bacteriën of bij hybride planten.[2] Ondanks dat deze processen continu voor nieuwe variatie zorgen hebben de individuen binnen een soort het grootste gedeelte van hun genen gemeen.[3] Desondanks kunnen ook relatief kleine verschillen in genotype voor grote verschillen in fenotype zorgen: chimpansees en mensen hebben bijvoorbeeld voor ongeveer 95% hetzelfde genoom.[4]

Mutatie[bewerken]

Mutaties zijn willekeurig plaatsvindende veranderingen in de DNA-sequentie, die worden veroorzaakt door "fouten" tijdens de meiose of DNA-replicatie (copynumbervariaties), straling van buitenaf, virussen, zogenaamde springende genen of door stoffen die mutagenen genoemd worden.[5] Als binnen een gen een mutatie plaatsvindt kan het genotype van het organisme veranderen. De meeste eigenschappen worden echter door een combinatie van genen bepaald (zogenaamde polygene erfelijkheid) waardoor een mutatie van één gen niet altijd invloed zal hebben.[6]

Onderzoek naar fruitvliegen (Drosophila melanogaster) wijst uit dat ongeveer 70% van alle mutaties schadelijk zijn, terwijl de rest onschadelijk is of zelfs een licht positief effect hebben.[7] Om de DNA-schade die mutaties kunnen veroorzaken tegen te gaan werken DNA-herstelmechanismen die mutaties weer verwijderen.[8] De snelheid waarmee veranderingen blijvend in het genetisch materiaal terechtkomen is daarom een evenwicht tussen de mutaties zelf en de herstelmechanismen. Te snelle opeenvolging van mutaties is schadelijk voor het organisme, maar op de lange termijn zijn mutaties juist gewenst vanwege het in stand houden van de genetische variatie binnen een soort.[9]

Onopgemerkte mutaties worden bij de replicatie van DNA ook exact meegekopieerd,[10] zodat mutaties zich kunnen verspreiden.

Schematische voorstelling van duplicatie in een chromosoom.

De meeste genen kunnen worden ingedeeld in "families" van genen, die bepaalde overeenkomsten (homologieën) hebben.[11] Een belangrijk proces bij het ontstaan van nieuwe genen is duplicatie van stukken DNA, waarbij een gen twee maal in het chromosoom terecht komt.[12] Nieuwe genen ontstaan of door duplicatie en mutatie van een gen, of door het samenvoegen van gedeelten van genen, waarbij nieuwe combinaties ontstaan.[13] Zo wordt het registreren van licht door het menselijk oog geregeld door vier genen, die alle vier geëvolueerd zijn uit hetzelfde oorspronkelijke gen.[14]

Ook kan aanpassing van het aantal chromosomen voorkomen. Zo is het menselijke chromosoom 2 ontstaan door een fusie tussen twee chromosomen, die in andere aapachtigen gescheiden gebleven zijn.[15] In de evolutie kan het ontstaan van individuen met een ander aantal chromosomen binnen een populatie ervoor zorgen dat een populatie sneller uit elkaar groeit, een verschillend aantal chromosomen maakt seksuele voortplanting in de meeste gevallen namelijk onmogelijk.[16]

DNA-sequenties die in staat zijn door het genoom te bewegen (springende genen) vormen een belangrijk deel van het genetisch materiaal van dieren en planten, en kunnen een belangrijke rol hebben gespeeld in de evolutie van genomen.[17] Zo zijn er meer dan een miljoen kopieën van de Alu-sequentie aanwezig in het menselijk genoom, deze sequenties zijn inmiddels onmisbaar geworden. Ze hebben bijvoorbeeld een regelende functie gekregen bij het proces van genexpressie.[18] Ook kunnen springende genen terwijl ze door een genoom bewegen voor de deletie of mutatie van genen zorgen, een proces dat de genetische variatie binnen een soort doet toenemen.[19]

Recombinatie[bewerken]

Genetische recombinatie is het herschikken van erfelijk materiaal. Genetische recombinatie treedt bijvoorbeeld op bij de meiose. Hierbij worden de chromosomen 'gemixt', waardoor nieuwe combinaties van allelen kunnen ontstaan. Chromosomale mutaties, zoals translocaties, worden soms ook gezien als een vorm van genetische recombinatie. De verschillende vormen van genetische recombinatie vormen een belangrijke bron van erfelijke variatie en spelen daarom een grote rol in mechanistische verklaringen van evolutionaire verschijnselen.

Bij horizontale genoverdracht treedt er dus genetische recombinatie op, waardoor de genetische variatie wordt vergroot. Ongeslachtelijke voortplanting berust enkel op celdeling, waardoor de genetische variatie minder groot is.

Verhouding tussen genotype en fenotype[bewerken]

Genetische variatie kan worden bestudeerd via het genotype, het fenotype en de combinatie van die twee.

De stabiliteit van een fenotype wordt gemeten als de snelheid waarmee een fenotype verandert per cellulaire generatie. Er is veel variatie in de stabiliteit van verschillende fenotypes. Sommige fenotypen zijn ongevoelig voor veranderingen in het genotype, zo'n fenotype is robuust. Andere fenotypen zijn juist zeer variabel omdat het onderliggende genotype ook zeer variabel is. Wanneer een fenotype een hoge erfelijke variabiliteit heeft, zonder dat daar veranderingen in het genotype aan ten grondslag liggen, dan komt dat door epigenetische factoren.[20]

Veel mutaties zijn schadelijk. Organismen gaan mutaties meestal tegen door reparatiemechanismen van het DNA in de cel. Neutrale mutaties hebben geen invloed op de 'fitness' (overlevingskansen) van een organisme. Sommige wetenschappers gaan ervan uit dat de meerderheid van de bestaande variatie binnen een soort neutraal is.[21] Een zeer beperkt aantal mutaties heeft zelfs positieve invloed op de fitness van een organisme, naar schatting komt zo'n mutatie per genoom eens in de 300 generaties voor.[22]

In het Luria-Delbrück experiment[23] werd aangetoond dat mutaties toevallig plaatsvinden, onafhankelijk van natuurlijke selectie. Hiermee werd het Lamarckisme (overerving van verworven eigenschappen) verworpen.[24] Recenter onderzoek wijst er echter op dat in bepaalde situaties een organisme de frequentie en de locatie van mutaties kan beïnvloeden. Bacteriën kunnen bijvoorbeeld onder stress meer mutaties toelaten. Ook overerving van verworven eigenschappen is in sommige situaties toch mogelijk, bijvoorbeeld wanneer een virus zijn erfelijk materiaal inbouwt in het DNA van een organisme.[25]

De tijdschaal, waarop genetische variatie plaatsvindt, kan sterk uiteenlopen. Voor sommige veranderingen zijn slechts enkele generaties nodig, voor veranderingen in robuuste fenotypes wordt het aantal benodigde generaties echter geschat op honderden miljoenen tot miljarden.[22]

De opeenhoping van genetische variatie zorgt voor evolutie. Uit recent onderzoek kan geconcludeerd worden, dat genetische variatie niet compleet onvoorspelbaar en ongestuurd plaatsvindt, maar beïnvloed wordt door diverse biologische processen, zoals hierboven beschreven.[26]

Zie ook[bewerken]

Bronnen en verwijzingen

Voetnoten

  1. Harwood 1998.
  2. Draghi & Turner 2006; Mallet 2007.
  3. Butlin & Tregenza 1998.
  4. Wetterbom et al 2006.
  5. Bertram 2000; Aminetzach et al 2005; Burrus & Waldor 2004.
  6. Mayeux 2005; Wu & Lin 2006.
  7. Sawyer 2007.
  8. Bertram 2000.
  9. Sniegowski et al 2000.
  10. Monod 1972; hoofdstuk 6: Invariance and Perturbations en 7: Evolution). Citaat (p118): But once incorporated in the DNA structure, the accident - essentially unpredictable because always singular - will be mechanically and faithfully replicated and translated.
  11. Harrison & Gerstein 2002.
  12. Carroll et al 2005.
  13. Orengo & Thornton 2005; Pál et al 2006.
  14. Bowmaker 1998.
  15. Zhang et al 2004.
  16. Ayala & Coluzzi 2005.
  17. Hurst & Werren 2001.
  18. Häsler & Strub 2006.
  19. Aminetzach et al 2005.
  20. Bron voor deze alinea: Rando en Verstrepen, Timescales of Genetic and Epigenetic Inheritance, Cell 128 (2007), p. 655-668.
  21. De bekende Neutral theory of molecular evolution van Motoo Kimura is hierop gebaseerd.
  22. a b Bron: Rando en Verstrepen, Cell 128 (2007)
  23. Salvador Luria en Max Delbrück, Mutations of bacteria from virus sensitivity to virus resistance Genetics 28 (1943), p. 491–511.
  24. Volgens sommige Lamarckistische opvattingen zou een organisme kunnen kiezen welke mutaties het toelaat en welke niet (directed mutation). Zie ook de volgende voetnoot.
  25. Lenski en Miller, The directed mutation controversy and neo-Darwinism Science (1993), Vol 259, Issue 5092, p. 188-194. Dit artikel bespreekt genoemde verschijnselen.
  26. Dit is in tegenstelling tot wat het neodarwinisme beweert. Bron: zie voetnoot 2l.

Literatuur

  • (en) Aminetzach, Y.T.; Macpherson, J.M. & Petrov, D.A.; 2005: Pesticide resistance via transposition-mediated adaptive gene truncation in Drosophila, Science 309(5735), p. 764-767.
  • (en) Ayala, F.J. & Coluzzi, M.; 2005: Chromosome speciation: humans, Drosophila, and mosquitoes, Proceedings of the National Academy of Sciences of the U.S.A. 102, p. 6535-6542, [1].
  • (en) Bertram, J.; 2000: The molecular biology of cancer, Molecular Aspects in Medicine 21(6), p. 167-223.
  • (en) Bloom, M. & Greenberg, J.; 2006 (9e druk): BSCS Biology, A Molecular Approach, Glencoe McGraw-Hill, Website
  • (en) Bowmaker, J.K.; 1998: Evolution of colour vision in vertebrates, Eye 12(3), p. 541-547.
  • (en) Burrus, V. & Waldor, M.; 2004: Shaping bacterial genomes with integrative and conjugative elements, Research in Microbiology 155(5), p. 376-386.
  • (en) Butlin, R.K. & Tregenza, T.; 1998: Levels of genetic polymorphism: marker loci versus quantitative traits, Philosophical Transactions of the Royal Society of London B, Biological Sciences 353(1366), p. 187-198, [2].
  • (en) Carroll, S.B.; Grenier, J. & Weatherbee, S.D.; 2005 (2e druk): From DNA to Diversity: Molecular Genetics and the Evolution of Animal Design, Blackwell Publishing, Oxford, ISBN 1-4051-1950-0.
  • (en) Draghi J. & Turner, P.; 2006: DNA secretion and gene-level selection in bacteria, Microbiology 152(9), p. 2683-2688.
  • (en) Freeman, S. & Herron, J.C.; 2003 (3e druk): Evolutionary Analysis, Prentice Hall, ISBN 0131018590, ISBN 9780131018594, Website
  • (en) Harrison, P. & Gerstein, M.; 2002: Studying genomes through the aeons: protein families, pseudogenes and proteome evolution, Journal of Molecular Biology 318(5), p. 1155-1174.
  • (en) Harwood, A.J.; 1998: Factors affecting levels of genetic diversity in natural populations, Philosophical Transactions of the Royal Society of London B, Biological Sciences 353(1366), p. 177-186, [3].
  • (en) Häsler, J. & Strub, K.; 2006: Alu elements as regulators of gene expression, Nucleic Acids Research 34(19), p. 5491-5497.
  • (en) Hurst, G.D. & Werren, J.H.; 2001: The role of selfish genetic elements in eukaryotic evolution, Natural Reviews. Genetics 2(8), p. 597-606.
  • (en) Mayeux, R.; 2005: Mapping the new frontier: complex genetic disorders, Journal of Clinical Investigation 115(6), p. 1404-1407.
  • (en) Monod, J.; 1972: Chance & Necessity, Vintage Books, New York, ISBN 0394718259.
  • (en) Orengo, C.A. & Thornton, J.M.; 2005: Protein families and their evolution-a structural perspective, Annual Reviews of Biochemistry 74, p. 867-900.
  • (en) Pál, C.; Papp, B. & Lercher, M.J.; An integrated view of protein evolution, Nature Reviews. Genetics 7(5), p. 337-348.
  • (en) Sawyer, S.A., Parsch, J., Zhang, Z. & Hartl, D.L.; 2007: Prevalence of positive selection among nearly neutral amino acid replacements in Drosophila, Proceedings of the National Academy of Sciences of the U.S.A. 104(16), p. 6504-6510, [4]
  • (en) Sniegowski, P.; Gerrish, P.; Johnson, T. & Shaver, A.; 2000: The evolution of mutation rates: separating causes from consequences, Bioessays 22(12), p. 1057-1066.
  • (en) Wetterbom, A.; Sevov, M.; Cavelier, L. & Bergström, T.F.; 2006: Comparative genomic analysis of human and chimpanzee indicates a key role for indels in primate evolution, Journal of Molecular Evolution 63(5), p. 682-690.
  • (en) Wu, R. & Lin, M.; 2006: Functional mapping - how to map and study the genetic architecture of dynamic complex traits, Natural Reviews. Genetics 7(3), p. 229-237.
  • (en) Zhang, J.; Wang, X.; & Podlaha, O.; 2004: Testing the chromosomal speciation hypothesis for humans and chimpanzees, Genome Research 14(5), p. 845-851, [5]