Onder leiding van trainer Hans Westerhof draaide de club een prima seizoen in de Eredivisie. Hierin eindigde men in de eindrangschikking uiteindelijk op een negende plaats, al was dat wel drie plaatsen lager dan het voorgaande seizoen.
In het KNVB bekertoernooi verliep het seizoen een stuk minder succesvol dan het voorgaande seizoen, daar waar men een jaar eerder de finale van het toernooi wist te halen werd men dit maal al in de derde ronde uitgeschakeld. In de derde ronde bleek Vitesse in eigen huis net te sterk voor de Groningers.
Als verliezend finalist van de KNVB Beker finale 1988/89 plaatste FC Groningen zich voor de Europacup II 1989/90. Hier werd de eerste ronde van het toernooi doorgekomen, maar in de tweede ronde bleek FK Partizan een doelpunt te sterk.