De luchtvaartmaatschappij werd in 1987 gesticht en begon een jaar later met het leveren van diensten onder de naam Air Botnia. Ze werd in januari 1998 gekocht door SAS. Toen Flying Finn, de eerste luchtvaartmaatschappij die goedkope vluchten leverde in Finland, failliet ging, kreeg ze een andere naam, namelijk Blue1. De maatschappij begon met het leveren van vluchten naar de drie winstgevende bestemmingen van Flying Finn, namelijk Oulu, Kuopio en Vaasa.
Op 1 november 2012 werd Blue1 opgenomen in de SAS-groep en vloog vanaf dan niet meer onder haar eigen naam maar onder de merknaam van de moederonderneming SAS. Het routenetwerk werd volledig geïntegreerd en alle Blue1-vluchtnummers werden vervangen door SAS-vluchtnummers. Als gevolg van deze wijziging heeft Blue1 als onafhankelijke partner Star Alliance verlaten.
