Van 1991 tot 1995 speelde hij bij FC Luik, van 1995 tot 1996 bij Germinal Ekeren. Daarna speelde hij voor Club Brugge tot in 2000 toen hij voor 4 jaar bij Olympique Lyon ging spelen. Vanaf 2004 speelde hij terug in België bij Standard Luik. Op het einde van het seizoen 2006-2007 kon hij niet langer bij deze club blijven. Hij tekende op 14 juni 2007 bij FC Brussels. Halfweg januari 2008 ruilde hij Brussels al in voor FCV Dender EH. Op 25 juni 2009 ruilde hij FCV Dender in voor K. Lierse SK waar hij een contract van één jaar kreeg. In de seizoenen 2010-2011 en 2012-2013 speelde hij voor de club waar het voor hem allemaal begon: FC Luik. In 2010-2011 zakte hij met die club van Derde Klasse B naar Vierde Klasse D.
Deflandre was lang vaste waarde als rechtsback bij de Rode Duivels, ondanks concurrentie van onder anderen Régis Genaux, Bertrand Crasson en Jacky Peeters. Hij maakte zijn debuut voor de Rode Duivels op 14 december1996 in het WK-kwalificatieduel tegen Nederland, dat op eigen veld met 3-0 verloren ging door treffers van Dennis Bergkamp, Clarence Seedorf en Wim Jonk. Deflandre begon in dat duel als basisspeler, maar moest na 75 minuten plaatsmaken voor Nordin Jbari. In de groepsfase van het EK 2000 werd Deflandre in de slotminuten de doelman van de Belgische ploeg na een rode kaart voor Filip De Wilde.
↑Le football, solide trait d'union en Belgique, Le Figaro, 27 december 2007: "le sport le plus populaire de la planète serait un frein pour reculer l'hypothèse d'une scission qui se concrétiserait éventuellement par deux championnats et deux sélections comme en République tchèque et en Slovaquie, selon Éric Deflandre, l'ex-Lyonnais, capé plus de soixante fois aux origines paradoxalement wallonnes."