Hydropathiciteit

Hydropathiciteit (Engels: hydropathy) is in de biochemie de mate waarin een α-aminozuur hydrofoob of hydrofiel is, veelal binnen de ruimtelijke context van een eiwitmolecuul. Hoe hoger de waarde, hoe hydrofober het aminozuurresidu. Er zijn verschillende lijsten samengesteld waarin alle standaard α-aminozuren gesorteerd zijn op hydropathiciteit. Zo'n lijst wordt ook wel een hydrofobiciteitsschaal genoemd.^[1]^[2]

In eiwitten komen zowel hydrofobe als hydrofiele aminozuren voor. De waarde wordt bijvoobeeld gebruikt om regio's in een eiwit te vinden die het membraan overspannen, in transmembraaneiwitten. De aminozuren die zich in deze regio bevinden, zijn vaak hydrofoob van aard en hebben dus een hoge hydropathiciteit. Aminozuren die zowel hydrofobe als hydrofiele eigenschappen bezitten, zoals proline (P) en tyrosine (Y), worden ook wel amfifiel genoemd. Hydrofobiciteit van de aminozuurzijketens kan worden vastgesteld door moleculaire dynamica-simulaties.^[3]

**Eisenberg consensus scale (ECS)^[2]**
R	K	D	Q	N	E	H	S	T	P	Y	C	G	A	M	W	L	V	F	I
-2.5	-1.5	-0.90	-0.85	-0.78	-0.74	-0.40	-0.18	-0.05	0.12	0.26	0.29	0.48	0.62	0.64	0.81	1.1	1.1	1.2	1.4

Zie ook[bewerken | brontekst bewerken]

Structuurbiologie

Bronnen

↑ (en) Kyte J, Doolittle RF (1982). A simple method for displaying the hydropathic character of a protein. J. Mol. Biol. 157 (1): 105–32. PMID 7108955. DOI: 10.1016/0022-2836(82)90515-0.
↑ ^a ^b (en) Eisenberg D (1984). Three-dimensional structure of membrane and surface proteins. Ann. Rev. Biochem. 53: 595–623. PMID 6383201. DOI: 10.1146/annurev.bi.53.070184.003115.
↑ (en) Rienzo L, Miotto M. (2021). Characterizing Hydropathy of Amino Acid Side Chain in a Protein Environment by Investigating the Structural Changes of Water Molecules Network. Frontiers in Molecular Biosciences. DOI: 10.3389/fmolb.2021.626837.

[Kyte-1] (en) Kyte J, Doolittle RF (1982). A simple method for displaying the hydropathic character of a protein. J. Mol. Biol. 157 (1): 105–32. PMID 7108955. DOI: 10.1016/0022-2836(82)90515-0.

[Eisenberg-2] (en) Eisenberg D (1984). Three-dimensional structure of membrane and surface proteins. Ann. Rev. Biochem. 53: 595–623. PMID 6383201. DOI: 10.1146/annurev.bi.53.070184.003115.

[3] (en) Rienzo L, Miotto M. (2021). Characterizing Hydropathy of Amino Acid Side Chain in a Protein Environment by Investigating the Structural Changes of Water Molecules Network. Frontiers in Molecular Biosciences. DOI: 10.3389/fmolb.2021.626837.

[1]

[2]

[3]