De UEFA Cup 2008/09 was de 38e editie van de UEFA Cup en tevens de laatste editie onder deze naam. De finale werd op woensdag 20 mei 2009 gespeeld in het Şükrü Saracoğlu Stadion, de thuishaven van Fenerbahçe SK, in Istanboel, Turkije. Het Oekraïense Sjachtar Donetsk won de finale met 2-1 na de verlenging van het Duitse Werder Bremen. Shakthar veroverde daarmee de eerste Europese beker voor een Oekraïense club sinds de onafhankelijkheid. Ten tijde van de Sovjet-Unie won Dynamo Kiev tweemaal, in 1975 en 1986, de Europacup II.
Deze editie van de UEFA Cup was de eerste editie waarin alle deelnemende Nederlandse clubs, AFC Ajax, Feyenoord, sc Heerenveen, N.E.C. en FC Twente doorgingen naar de groepsfase. Van de Belgische clubs wisten Club Brugge en Standard Luik de groepsfase te behalen; KAA Gent was al in de tweede voorronde uitgeschakeld door het Zweedse Kalmar FF.
Dit seizoen namen 122 clubs deel aan de UEFA Cup 2008/09. Deze clubs waren afkomstig van 53 verschillende bij de UEFA aangesloten landen. Uit elke lidstaat kwalificeerde een bepaald aantal clubs zich voor de UEFA Cup, afhankelijk van de positie op de UEFA-coëfficiëntenlijst. Een lid mocht maximaal vier teams afvaardigen. Alle UEFA leden hadden gegarandeerd één deelnemer. Hieronder is het kwalificatieschema te zien voor de UEFA Cup 2008/09:
Landen 1-6 hebben ieder 3 teams
Landen 7-8 hebben ieder 4 teams
Landen 9-15 hebben ieder 2 teams
Landen 16-21 hebben ieder 3 teams
Landen 22-37 en 39-50 en 53 (Montenegro) hebben ieder 2 teams
Landen 38,51 en 52 hebben ieder 1 team (Andorra, Liechtenstein en San Marino)
plus
3 fair play plaatsen
11 winnaars van de UEFA Intertoto Cup 2008
16 verliezers van de 3e kwalificatieronde van de UEFA Champions League 2008/09.
8 teams die als derde zijn geëindigd van de UEFA Champions League 2008/09.
NB: Zenit St. Petersburg zou zich als titelhouder ook automatisch geplaatst hebben. Echter, door het winnen van het Russische landskampioenschap was dit team al verzekerd van een plekje in de "hogere" Champions League.
Eerste kwalificatieronde (74 teams)
33 bekerwinnaars van landen 21-53
32 nummers 2 van landen 19-37,39-50 en 53
6 nummers 3 van landen 16-21
winnaars van de 3 fair play plaatsen
Tweede kwalificatieronde (64 teams)
37 winnaars van de eerste kwalificatieronde
6 bekerwinnaars van landen 15-20
7 nummers 3 van de competitie van de landen 9-15
3 nummers 2 van de competitie van de landen 16-18
11 winnaars van de UEFA Intertoto Cup 2008
Eerste ronde (80 teams)
32 winnaars van de tweede kwalificatieronde
13 bekerwinnaars van landen 1-14
2 nummers 2 van de competitie van de landen 7-8
5 nummers 4 van de competitie van de landen 4-8
7 nummers 5 van de competitie van de landen 1-3 en 5-8
2 nummers 6 van de competitie van de landen 1-2
2 League Cup winnaars van de landen 3-4
16 verliezers van de 3e kwalificatieronde van de UEFA Champions League 2008/09.
Groepsfase (40 teams)
40 winnaars van de eerste ronde.
Knock-outfase (32 teams)
24 teams die als 1e, 2e en 3e zijn geëindigd in de groepsfase
8 teams die als derde zijn geëindigd in de groepsfase van de UEFA Champions League 2008/09.
1 Volgens de UEFA coëfficiënten moet de winnaar van de Oostenrijkse beker in deze ronde spelen maar omdat de Beker van Oostenrijk het voorgaande seizoen alleen voor amateurclubs toegankelijk was, werd deze plaats gegeven aan de nummer 3 van de competitie.
De loting vond plaats op vrijdag 29 augustus in Monaco.
De 1e wedstrijden werden gespeeld op 17 en 19 september. De returns op 30 september en 2 oktober.
De clubs die in deze ronde uitkwamen, zijn de clubs die als derde van elke groep in de groepsfase van de Champions League eindigden, alsook de beste drie clubs uit elke groep in de groepsfase van de UEFA Cup. Vanaf deze ronde was het knock-outsysteem van toepassing: de groepswinnaars van de UEFA Cupgroepsfase speelden in twee wedstrijden tegen de nummers drie van diezelfde groepsfase, de nummers twee speelden (ook in twee wedstrijden) tegen de nummers drie van de groepsfase van de Champions League. De groepswinnaars en de nummers twee van de UEFA Cupgroepsfase speelden de eerste wedstrijd uit, in de tweede wedstrijd kregen zij het thuisvoordeel. De eerste wedstrijd werd gespeeld op 18 en 19 februari, de tweede wedstrijd op 26 februari 2009.
De clubs die in deze ronde uitkwamen zijn de winnaars van de derde ronde, de eerste knock-outfase van het toernooi. De winnaars van deze wedstrijden gingen door naar de kwartfinales.
De loting voor de achtste finale was op 19 december in het hoofdkantoor van de UEFA. De eerste wedstrijd werd gespeeld op 12 maart, de tweede wedstrijd op 18 en 19 maart 2009.
Sjachtar Donetsk
Vágner Love (11)
Juventus
Liverpool FC (3)
.svg){kind=small}
FC Twente
Paris Saint-Germain
Racing Santander
FC Schalke 04
Galatasaray SK
Olympiakos Piraeus
SL Benfica
.svg){kind=small}
Standard Luik
Partizan Belgrado
Spartak Moskou
Dinamo Zagreb
MŠK Žilina
Slavia Praag
FC Kopenhagen
Rosenborg BK
Lech Poznań
Zie UEFA Cupfinale 2009 voor het hoofdartikel over dit onderwerp.
Albanië
Andorra
Armenië
Azerbeidzjan
Bosnië en Herzegovina
Bulgarije
Cyprus
Estland
Faeröer
Finland
Georgië
Hongarije
Ierland
IJsland
Israël
Kazachstan
Letland
Liechtenstein
Litouwen
Luxemburg
Macedonië
Malta
Moldavië
Montenegro.svg){kind=small}
Noord-Ierland
Oostenrijk
Roemenië
San Marino
Schotland
Slovenië
Wales
Wit-Rusland
Zweden.svg){kind=small}
Zwitserland
· 
· 