De trainingsuren gingen deels verloren door het wisselvallige weer in de dagen voor de race. Niet alleen de regen, maar ook de harde windvlagen zorgden ervoor dat het lang onduidelijk was wie nu eigenlijk de snelste rijders met de snelste machines waren. Zoals altijd hadden Honda en Yamaha een flink aantal Japanse wildcardrijders ingeschreven voor de 250- en de 500cc-klasse, maar Honda had nu duidelijk ook grote plannen met de 125cc-klasse en daar startten veertien Japanners, waarvan er negen in de top tien finishten. De Japanse Grand Prix trok 84.000 toeschouwers.
Wayne Rainey had lang de snelste trainingstijd op zijn naam staan, maar op het laatste moment reed Tadahiko Taira ruim een halve seconde sneller en hij was de enige met een tijd onder de 2"12'. Eddie Lawson reed slechts de tiende tijd, maar hij had veel last van zijn schouder- en handblessures die hij tijdens de ingelaste testdagen van Honda had opgelopen. Wayne Gardner reed weliswaar de vierde tijd (snelste Honda-rijder), maar zijn beide Honda NSR 500's misten 10 km/uur aan topsnelheid.
Vanaf de tweede startrij vertrok Freddie Spencer als snelste, maar in de eerste bocht werd hij al gepasseerd door Wayne Rainey, die per ronde een seconde won op de concurrentie. In de tweede ronde passeerde Kevin Schwantz Spencer ook. Tot de zevende ronde reed Spencer voor in het veld, maar daarna begon zijn Yamaha in te houden en kwam hij plotseling als achttiende door. Op dat moment begon Schwantz in te lopen op Rainey. Nog acht ronden later had hij Rainey achterhaald. De Honda's kwamen er toen al niet meer aan te pas. Nieuweling Mick Doohan was de snelste van hen tot hij door een gebroken zuiger uitviel. Wayne Gardner lag op de derde plaats, maar hij maakte een aantal fouten. Hij startte slecht, vocht zich terug naar de derde plaats tot hij in Spoon Curve rechtdoor schoot en naar de veertiende plaats zakte. Opnieuw vocht hij zich terug naar de derde plaats, maar toen verloor zijn achterband grip. Hij reed door het gras, miste de vangrail maar net en kwam als vierde achter Eddie Lawson op de baan terug. Hij moest nog vijf ronden met vreselijke pijn rijden omdat zijn testikels op de tank waren geslagen. Vlak voor het einde van de race nam Schwantz de leiding over van Rainey. De laatste ronden van Kevin Schwantz waren spectaculair: meerdere malen schoof de achterkant van zijn Suzuki weg of kwam het vermogen zo plotseling in dat hij een ongewilde wheelie maakte. Toch kon Rainey niet profiteren en hij moest genoegen nemen met de tweede plaats. Later verklaarde hij dat hij op de starttoren had gezien dat er nog twee ronden te gaan waren, waardoor hij verrast werd door de finishvlag.
De Yamaha YZR 250's hadden nieuwe motorblokken met één krukas. Vijf van deze machines trainden zich in de top tien, waarbij John Kocinski de snelste was voor Toshihiko Honma. Debutant Tadayuki Okada was de snelste Honda-rijder voor regerend wereldkampioen Sito Pons. Veel Aprilia-rijders kwamen niet aan goede tijden toe omdat ze last hadden van brekende krukassen.
De training voor de 125cc-klasse was een echte Japanse aangelegenheid. Honda maakte nog steeds geen echte fabrieksracers, hoewel Ezio Gianola en Hans Spaan wel wat speciale onderdelen hadden. Gianola was de snelste, maar Spaan had problemen met zijn banden en de afstelling van de machine, waardoor hij slechts de elfde tijd reed. Verder kon alleen Jorge Martínez zich tussen de Japanners nestelen met de vierde starttijd. Met de 125cc-Aprilia's wilde het maar niet lukken. Zij reden de 22e, 23e, 24e en 35e trainingstijd.
Ezio Gianola nam meteen de leiding voor Hisashi Unemoto, Jorge Martínez en de goed gestarte Hans Spaan. Martínez moest echter al na een ronde stoppen door een gebroken schakelpedaal. Spaan reed per ronde twee seconden sneller dan in de training, maar hij kon Gianola niet bedreigen. Wel drong hij door naar de tweede plaats voor Unemoto en diens teamgenoot Kojii Takada. Spaan maakte zich los van zijn achtervolgers, tot zijn machine door een defecte ontsteking stilviel. Zo deden Gianola, Unemoto en Takada goede zaken, want de overige kanshebbers in het WK scoorden nauwelijks punten.
Voor Carlos Lavado bleek geen plaats meer te zijn bij het team van Venemotos, de Venezolaanse Yamaha-importeur. Hij verscheen zonder motorfiets in Japan, maar trainde met hulp van een Japanse sponsor toch met een productie-Honda RS 250. Hij wist zich echter niet te kwalificeren.
Kevin Schwantz kwam met de schrik vrij toen hij met een scooter door het rennerskwartier reed en werd aangereden door een Japanse Formule 3-coureur. Schwantz hield er wat schaafwonden aan over, maar zijn scooter was in tweeën gebroken.
Grand Prix-wegrace van Japan 1989
Kevin Schwantz
Sito Pons
Luca Cadalora
Wayne Gardner.svg){kind=small}
Niall Mackenzie
Jean-Philippe Ruggia.svg){kind=small}
Jacques Cornu
Martin Wimmer.svg){kind=small}
· 
· 